MR様もコメントありがとうございますm(_ )m
ここでの意見を参考に自分が出した結論は、1つのShopifyサイトで「サプリメント」、「美容教育動画」を販売し、「ハンドメイド」は外部リンクとして、Minneとcreemaに飛ばす!!です。
理由としましては、長くなりますが、まず広告において商品ではなく思想の核を掲載しようと思います。いろいろ調べたところ、インフィード広告において、この手法は有効であることがわかりました。そして、その広告からお客様はwordpressで制作した記事型LP（サイト型LP）に飛びます。そのLPには思想の内容を掲載し、最下部において「サプリメント」の看板商品（1つのみ）の紹介LP（Shopify販売サイトのLP）のリンクボタンを設置し、興味を持たれたお客様のみ、そこから販売サイトに飛びます。記事型LPと販売サイトの導線はあえてそこだけにしようと考えています。それと、記事型LPは下層ディレクトリにお客様の声とか思想に関連する記事とか、お役立ち情報を載せるつもりです。
「美容教育動画」へは、YouTubeに美容の基本中の基本動画（1本のみ）をアップロードして、そこにリンクを貼り、お客様を呼び込もうと考えています。
「ハンドメイド」は、正直あまり売れなくていいです。かなり薄利なのと、Shopifyサイトで販売してサプリメントと一緒に購入されると配送に困ります。サプリメントは送料無料にして、できる限りコンパクトなサイズで配送しようと考えていますので。それに下手に売れると、とてもじゃありませんが供給が間に合いません。あと、自社ECが上手く運用出来るようになっていくと、ハンドメイドに関わる人をサプリメントに回さなくてはなりません。始めはMinneだけにしようとしてましたが、ハンドメイドの製作をしている所が2ヵ所あり、それぞれの製作場所から発送するのが1番効率がいいので、Minneとcreemaの2つのマーケットプレイスを利用し、販売サイトからは外部リンクとして導線を設置するつもりです。
お客様には、うちが代表が推す思想のもと、3つの商材がこの販売サイトにあるんだなと認識してもらうだけで結構だと思います。
蛇足ではありますが、1度でも販売サイトに訪問したお客様には、リターゲティングが発火します。
以上が先に述べたサイト構造の理由になります。
他にこうした方が良いとか意見がありましたら、どうかご教授よろしくお願い致しますm( _)m

ならないさんの意見にもありましたように
大前提として他の方の意見が正論で正しいと思います！
↑
これに大共感！！

で、ならないさんが少し尖った意見でおもしろかったのでさらに違う角度で意見してみたいと思います(笑)

※代表者の方の望んでいることや性格がわからないなかでの意見ですのであくまでご参考までに

まずは、会社としてECを立ち上げる目的がなにか？
ということになると思います。

勝手な想像ですが、
「サプリメント」、「美容教育動画」、「ハンドメイド」の3つの商材を考えるにそこまで商材に直接的な関係性がないので、
目的としては、「ECで販売したい」ってことが最優先であり、「販売するなら、会社の思想を表したい」という感じなのかなっと。

で、ならならいさんが言われるように
「代表がそう言っているのであれば、とりあえずそうすればいいんじゃないです」
この意見に同調する気持ちが強くｗ

とはいえ、クロスセルとか戦略的な部分はありつつも、ビジネスである以上実績残せないと
「結局ECではダメじゃん」
みたいになるのは、しゃくなので、まずは実績を出すことが最優先と考えます

そう考えると入口を少しでも広くもっとくこと、効率的に作業ができることを考えること、
さらに言うと、会社の思想は表現するにしても、それを共感して買ってもらうのではなく、
まずは買ってもらい実績を作ってから、共感（賛同？）してもらう順番に考えて、

1店舗で3商品販売する案ですかね

長期的にこのEC事業を見てくれるのであればですが、、、
結局実績でないから、みたいに早々に判断されてしまうような形なら、まずは実績を作ることに注力してその後に、店舗を分けるなり、してみるのはいかがでしょうか。

ECに進出したけど、素晴らしい思想を表現しているけど、きれいなページ作ったけど、
結局売れないからって撤退したお店を何件かみている者からの斜めからの意見でした！

いろいろなご意見ありますが、大前提として他の方の意見が正論で正しいと思います！
ので、僕は少し穿った意見を言います（笑）

恐らく、代表者の方はよく考えていませんね！第六感というか、直感的に考えている感がします（違ったら大変失礼なことを言っています。すいません。）

ほんとはこうしたいのになぁ。というご意見もよくわかります！実際開示されていない情報も含めた上でユッキーさんがそう思ってるなら、そうした方が先行きが明るいんでしょう。

ただ、代表がそう言っているのであれば、とりあえずそうすればいいんじゃないです？と思います。

他の方のご意見にもあるようにクロスセルできるなら１つのショップで行う合理性もありますし、複数ショップは確かに管理が大変で、コスト的にも多くかかりますしね。

そのうえで、「わかりました！ただ全部いっぺんにすると手におえないので〇〇（ユッキーさんが一番乗り気の商材）から優先して進めますね！」みたいに進めていけばいいと思います！

他の２つはいつ出すの？って聞かれ始めたら、商品だけ用意しとけばいいと思います。僕の経験でいうと、直感でとらえるタイプの代表者であれば、わりとそれで満足する人は多いです。
んで、１つめの商材で結果が出せたら、そのとき２つめ３つめの独立を提案できればベストだと思います！

お話しの内容から察することしかできないので全く的外れだった場合は
「何言ってんだコイツ(・_・)」と思いながらスルーしてください！（笑）

今いただいている情報を鑑みますと、判断が分かれるところかなと思います。

サイトが一緒でもいいケースは下記の2パターンです。
①ターゲットが同一であるためクロスセル販売が有効である
②公式ECは受け口として用意するだけでメインはLPでの販売

今回のケースでは、代表の方はもしかしたら①のクロスセル販売を狙ってこの3ジャンルを展開されているのかもしれません。サイトを分割するとクロスセル(一緒に購入させる)ができなくなります。

一方で機能的価値より情緒的価値を重視し、ブランドの長期的なエンゲージメントを高めたいという意図なのではないかと考えます。
その時、投稿者さんの仰る通りユーザーさんが混乱してしまったり、サイトに訪れた際に「自分が求めたサイトではない」と思い離脱してしまう可能性が高いと思います。

そのため、②のようにLP販売をしていく場合はユーザーさんの検索意図ごとに最適なページを表示するため、公式ECの重要度が下がるため、サイトは一緒でもいいと思います。

結論、代表の方とよく話し合い、下記を定めた方がいいと思います。
・自社の強みはなんなのか(競合分析してPOD,POP,POFを洗い出しましょう)
・どういった消費者がターゲットなのか(ペルソナをデモグラフィック情報ではなく、何で悩んでいるかというサイコグラフィック情報で考えましょう)
・販売戦略はどのように行うのか、それは現実的なのか(獲得の単価までシミュレーションしましょう)

このあたりを総合的に議論することをおすすめします！

1つのサイトで会社の思想を伝えるという事はとても大事だと思います。その思いに共感していただける方々が、ファンとなりリピーターとなっていくからです。ただ、社長の顔が広いや会社が有名などの特性がなければまずは看板商品を一つに絞る方がいいかと思います。そのため、私の意見はまず1つのサイトで1つのブランドを育てるという事です。そしてそれが育っていくとともに、枝を増やしていくといった形でも遅くはないと思います。
※いきなり多くの商品を取り扱うとSKUが増加し、在庫管理不足や廃棄商品が出る可能性があります。ただ、それは投稿者様会社のEC運営力によっては問題ないと思います。